舰种系统构成了游戏战略深度的核心要素，不同舰种通过指挥值消耗、功能定位和战场角色的差异化设计，形成完整的太空作战体系。护卫舰作为基础小型舰船，具备3-6指挥值需求低、生产成本低廉的特点，在游戏前期承担主力输出职责，后期转型为功能性单位执行防空、反导或吸引火力的战术任务。这类舰船的代表型号如FG300装甲型通过高护甲值分担伤害，静海级则侧重防空能力，虽然单发伤害偏低但能有效填补舰队防空缺口。
驱逐舰作为中小型舰船的代表，指挥值需求7-9之间，在火力与护甲方面显著优于护卫舰，是游戏中期过渡阶段的核心战力。枪骑兵级轻型导弹驱逐舰配备单发400伤害的重炮系统，虽冷却时间长但输出能力突出；卫士级支援驱逐舰则搭载无人机维修系统，成为战场关键的后勤保障单位。驱逐舰在巡洋舰登场后逐渐退出主力输出序列，但特殊型号如斗牛级凭借功能性仍保留在高级编队中。
巡洋舰作为大型作战单位，标志着玩家进入游戏后期阶段，其5万以上的基础血量和均衡的攻防属性使其成为舰队中坚力量。奇美拉级重型巡洋舰凭借堡垒火炮系统成为护甲最高的巡洋舰，CAS066通用型则以18人口的低消耗和12艘的上限数量展现极高性价比。这类舰船通过子系统改装可实现专业化发展，例如卡利斯托级专注反巡洋舰作战，光锥级强化区域防空能力，不同改装方向直接影响舰队整体战术风格。
战列巡洋舰与航母构成顶级战力体系，前者如新君士坦丁大帝级综合战巡拥有25%基础能量抗性，配合双类型武器系统成为全能型旗舰；后者以太阳鲸航母为代表，虽然移动缓慢但可搭载13个炮艇单位，通过蜂巢守卫者等舰载机实现远程打击。这两类舰船建造时间长达数小时，需要玩家提前规划资源投入，其战略价值体现在大规模会战和星系争夺战中，合理的战巡与航母配比能显著提升舰队持续作战能力。
工程舰作为非战斗单位，通过采集速度、仓储容量和曲率航速的加点策略直接影响资源获取效率。X8型工程舰建议优先提升开采速度与曲率速度，X20大型工程舰则需强化双采集加速配置。资源采集系统的优化程度决定了舰队扩张速度，高级工程舰的运用能有效缩短科技研发和舰船生产的周期，为军事力量发展提供物质基础。整个舰种体系通过指挥值限制和功能互补形成动态平衡，玩家需要根据战局发展阶段灵活调整舰种比例。
